Blacklist ou rc.local?
O módulo que gerencia o alto-falante interno do computador é o pcspkr
ele pode ser retirado num kernel customizado ou para os preguiçosos como eu, temos maneiras mais simples vou explicar duas...
1) blacklist, bom a blacklist resumindo é uma lista negra de modulos, aqueles que não queremos, então basta editar a blacklist e adicionar nosso modulo pcspkr nele, para tanto basta
vim /etc/modprobe.d/blacklist.conf
incluir a linha em qualquer canto do arquivo mesmo heheh
blacklist pcspkr
2) rc.local, é executado depois que o sistema normal já foi carregado, podendo colocar os aplicativos que queremos na inicialização, ele tem poder de root entao, basta editar o arquivo
vim /etc/rc.local
e adicionar a linha
rmmod pcspkr &
antes do exit 0;
espero que isto ajude